На Факултету организационих наука од 1973. године организују се магистарске студије. Прва генерација студената уписана је школске 1973/1974 године, на профиле Кибернетика и аутоматизација, Организација удруженог рада у привреди и Кадрови. Овом активношћу ФОН је отворио могућност припремања кадрова за наставно-научни и научно-истраживачки рад из области организационих наука као и стицања академских назива магистра и доктора организационих наука. Последња генерација која је уписана је школске 2005/2006 године.

Магистарске студије трају четири семестра, односно две године. На последипломским студијама наставу изводе професори Факултета организационих наука и других факултета, као и страни предавачи и експерти, због чега је Факултет успоставио институционалну сарадњу са низом страних образовних и научних институција. Образовањем на магистарским студијама стичу се знања и способности за научно истраживачки рад у области организационих наука, на више профила